[재정경제부]2026년 세제개편안 정부안 확정

재정경제부는 2026년 9월 1일 국무회의에서 「2026년 세제개편안」 정부안을 최종 확정하였습니다. 8월 3일 발표된 당초안은 부처협의 및 입법예고 과정에서 제기된 의견을 반영하여 종합부동산세 기본공제 금액, 세부담 상한, ISA 계약기간·납입한도, 인적용역사업자 원천징수세율 적용 범위 등 7개 항목이 수정되었으며, 의결된 11개 세법 개정법률안은 9월 3일까지 국회에 제출되어 정기국회에서 심사될 예정입니다.

당초안은 ISA(개인종합자산관리계좌)의 계약기간을 최대 5년으로 단축하고 납입한도 미사용분 이월을 금지하는 방향으로 설계되었으나, 국민 자산형성 지원 취지에 역행한다는 지적이 제기되었습니다. 종합부동산세와 관련해서는 비거주 1주택자의 기본공제 금액을 9억원으로 낮추고 세부담 상한을 150%에서 200%로 높이는 방안이 당초 포함되어 있었으나, 납세자 부담 조정 필요성이 부처협의 과정에서 제기되었습니다. 또한 인적용역사업자 원천징수세율 인하 대상에서 연말정산 대상자를 제외하는 기준이 '간편장부 대상 여부'로 설정되어 있어 적용 범위가 불합리하다는 문제가 지적되었습니다.

수정된 주요 내용은 다음과 같습니다. 첫째, 기존 ISA(「조세특례제한법」 제91조의18) 관련하여, 당초안에서 계약기간 단축(최대 5년), 납입한도 미사용분 이월 금지, 일몰기한 신설('29.12.31.) 등을 추진하였으나, 수정안에서는 현행 제도를 그대로 유지하기로 하였습니다. 둘째, 신설되는 생산적금융 ISA(「조세특례제한법」 제91조의29 신설)는 당초안의 계약기간 제한(최초 3년, 총 10년) 및 일몰기한('29.12.31.)을 삭제하여 현행 일반 ISA와 동일하게 최소 3년, 최대 계약기간 제한 없음으로 변경하고, 납입한도 미사용분 이월도 허용하도록 수정하였습니다. 아울러 청년형 생산적금융 ISA와 청년미래적금의 중복가입이 가능하도록 수정되었습니다. 셋째, 주택분 종합부동산세 기본공제 금액(「종합부동산세법」 제8조제1항)과 관련하여, 1세대 1주택자의 거주 시 공제금액은 당초안대로 12억원에서 14억원으로 상향하되, 비거주 시 공제금액은 당초안의 9억원 인하 대신 현행 12억원을 유지하기로 수정하였습니다. 부부공동명의 1주택자(공동명의 특례 미신청자)의 경우에도 비거주 시 공제금액을 당초안의 4억원 대신 6억원으로 조정하였습니다. 넷째, 종합부동산세 세부담 상한(「종합부동산세법」 제10조·제15조)은 당초안에서 150%를 200%로 높이려 하였으나, 수정안에서는 현행 150%를 유지하기로 하였습니다. 다섯째, 지방이전·특구입주 세제지원 환류기간(「조세특례제한법」 제145조)은 당초 감면기간만을 환류기간으로 보던 것에서, 지방이전·특구입주 전 투자를 개시한 과세연도부터 감면기간 마지막 과세연도까지로 환류기간을 확대하였습니다. 여섯째, 인적용역사업자 원천징수세율 인하(「소득세법」 제129조)와 관련하여, 현행세율(3%) 유지 대상의 기준을 '간편장부 대상 여부'에서 '간편장부 대상 여부와 무관하게 보험판매업자·방문판매업자·음료품배달원 전체'로 조정하였습니다. 일곱째, 도시철도 건설용역 부가가치세 영세율 경과조치 대상(「조세특례제한법」 제105조제1항·제3항)을 확대하여, 민자사업의 경우 '26.12.31. 이전 실시협약 체결분뿐 아니라 타당성분석 또는 제안서 검토 완료분도 포함하고, 재정사업의 경우 '26.12.31. 이전에 기본계획이 고시된 것으로서 '27.12.31. 이전에 사업계획 또는 실시계획이 승인된 분도 경과조치 대상에 추가하였습니다. 한편, 상장주식 평가방법 개선(이른바 '주가 누르기' 관련 사항)은 당·정 간 논의 등 추가 의견수렴을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 별도로 합리적 개선방안을 마련할 예정입니다.

이번 정부안은 9월 3일까지 국회에 제출되어 정기국회 심사를 거치게 되므로, 최종 내용은 국회 심사 과정에서 추가로 변경될 수 있습니다. 기업 및 개인 납세자 관점에서 주목할 변화는 다음과 같습니다. 종합부동산세 측면에서는, 실거주 1주택자의 기본공제 금액이 14억원으로 상향되어 해당 납세자의 세부담이 줄어드는 효과가 있습니다. 반면 비거주 1주택자는 당초안(9억원)보다는 완화되었지만 현행(12억원)보다는 낮은 12억원이 유지되어 현 수준의 부담이 그대로 이어집니다. 세부담 상한이 150%로 유지됨에 따라 당초안(200%)보다 납세자 보호 수준이 높게 유지됩니다. ISA 관련해서는, 기존 ISA의 계약기간·납입한도·이월 규정이 현행대로 유지되어 기존 가입자 및 금융기관 입장에서 제도 변경에 따른 혼란이 없을 것으로 예상됩니다. 새로 신설되는 생산적금융 ISA는 계약기간 제한이 없고 일몰기한도 없어 장기 자산형성 수단으로 활용 가능성이 높으며, 청년형 ISA와 청년미래적금의 중복가입이 허용되어 청년층의 세제 혜택 접근성이 넓어집니다. 기업 관점에서는, 지방이전·특구입주 세제지원의 환류기간이 투자 개시 시점부터 산정되도록 확대되어 이전 전 선제 투자를 계획 중인 기업에 유리하게 작용할 수 있습니다. 도시철도 건설 관련 민자·재정사업 시행자는 영세율 경과조치 적용 범위가 넓어져 부가가치세 부담 완화 효과를 기대할 수 있습니다. 인적용역사업자를 활용하는 기업은 보험판매업자·방문판매업자·음료품배달원에 대한 원천징수세율이 간편장부 대상 여부와 무관하게 현행 3%로 유지된다는 점을 확인하고 원천징수 실무를 점검할 필요가 있습니다. 상장주식 평가방법 개선은 이번 정부안에서 확정되지 않고 정기국회 심사 과정으로 넘어간 만큼, 관련 기업은 향후 당·정 논의 동향을 지속적으로 모니터링하여야 합니다.