[국토교통부][설명] 정부는 기업 비업무용 토지 제도 개선을 위해관계부처간 긴밀하게 협력하고 있습니다.

이 자료는 2026년 8월 28일 이데일리의 '기업 비업무용 부동산 통계 부재 및 부처 간 데이터 칸막이' 보도에 대한 국토교통부의 공식 해명 자료입니다. 정부는 재정경제부·국토교통부·행정안전부 등 관계부처 TF를 구성하여 기업 비업무용 토지 제도 개선을 추진 중이며, 이번 세제개편안에서 발표한 과세 조치는 '징벌적 과세'가 아닌 토지 세부담 적정화 및 재산세 관리체계 합리화임을 밝히고 있습니다.

이데일리 보도는 국토교통부가 기업 보유 비업무용 부동산에 대한 통계를 작성하지 않고 있으며, 부처 간 데이터 칸막이로 인해 범정부 차원의 거시 통계가 부재하다고 지적하였습니다. 정부는 이에 대해 관계부처 TF를 통해 제도 개선을 추진 중임을 강조하며, 통계 부재 문제를 해소하기 위해 국토교통부 토지소유 현황 자료와 행정안전부·국세청 과세자료를 연계하는 방안을 마련할 계획임을 밝혔습니다.

이번 세제개편안에서 발표된 비업무용 토지 관련 과세 정상화의 주요 내용은 다음과 같습니다. 종합합산토지의 경우, 과세표준 45억 원 초과 구간에 적용되는 세율이 3%에서 4%로 인상됩니다. 비사업용 토지의 양도차익에 대한 법인세 추가과세 세율은 10%에서 20%로 상향됩니다. 재산세 관리체계 합리화 측면에서는, 건축물 부속토지 인정 기준이 건물가액 대비 토지가액 비율 2% 이상에서 5% 이상으로 상향되고, 별도합산 타당성평가제도가 신설됩니다. 또한 개발사업 분리과세 적용 기한이 새로 설정되며, 분리과세 대상에 일몰이 적용됩니다. 아울러 국토교통부 토지소유 현황 자료와 행정안전부·국세청 과세자료를 연계하여 비업무용 토지 관리를 강화할 계획입니다.

이번 세제개편안이 확정·시행될 경우, 생산활동과 무관하게 토지를 보유하는 기업의 세부담이 실질적으로 증가할 것입니다. 법인세 추가과세 세율이 10%에서 20%로 두 배 인상되는 점은 비사업용 토지를 보유한 법인에 직접적인 비용 증가 요인이 됩니다. 종합합산토지 세율 인상(3% → 4%)도 고액 토지를 보유한 기업에 추가 부담으로 작용합니다. 건축물 부속토지 인정 기준이 강화(2% 이상 → 5% 이상)되면, 기존에 별도합산 또는 분리과세 혜택을 받던 일부 토지가 종합합산 과세 대상으로 전환될 수 있어, 해당 토지를 보유한 기업은 보유 현황을 재검토할 필요가 있습니다. 한편, 정부는 이번 조치가 '징벌적 과세'가 아님을 명시하고 있어, 세율 인상의 폭이 일부 보도에서 우려한 수준보다는 제한적임을 시사합니다. 국토교통부·행정안전부·국세청 간 과세자료 연계가 실현되면, 비업무용 토지 보유 현황에 대한 정부의 파악 능력이 높아지고 과세 집행의 정확성도 강화될 것으로 예상됩니다. 기업 입장에서는 비업무용 토지 보유 현황을 사전에 점검하고, 세부담 변화에 따른 자산 운용 전략을 재검토하는 것이 바람직합니다.