[행정안전부]고향사랑기부 세액공제 확대 등 지방 주도 성장 세제개편 추진

행정안전부가 2026년 8월 3일 발표된 '2026년 세제개편안'에 포함된 지방 우대 세제 개편 과제 네 가지를 소개한 보도자료입니다. 고향사랑기부금 세액공제율의 지역별 차등 적용, 기업 R&D·투자 세액공제에 지방우대계수 도입, 근로자 지방 이주수당 비과세 한도 확대, 전남광주통합특별시 특구 내 창업기업 세액감면 신설이 핵심이며, 대부분의 조치는 2027년 1월 1일부터 적용될 예정입니다. 다만 이번 개편안은 관련 법령 개정과 국회 심의를 거쳐 최종 확정됩니다.

고향사랑기부제는 기부 지역의 여건과 무관하게 전국 동일한 세액공제율(10만 원 이하 100%, 10만~20만 원 44%, 20만 원 초과 16.5%)을 적용해 왔습니다. 이 때문에 인구 감소와 재정 여건 악화로 어려움을 겪는 지방에 기부를 집중시키는 유인이 부족하다는 한계가 있었습니다. R&D·투자 세액공제(「조세특례제한법」 제10조·제24조) 역시 기업 규모에 따른 공제율 차등은 있으나 지역에 대해서는 구분 없이 동일한 공제율을 적용해 왔습니다. 이로 인해 기업 투자가 수도권에 집중되는 구조적 문제를 세제 측면에서 교정하기 어려웠습니다. 이주수당 비과세는 공공기관 소속 공무원·직원이 수도권 외 지역으로 이전하는 경우에 한해 월 20만 원 한도로 한시적으로 적용되어, 민간 기업 근로자의 지방 이주를 지원하는 데에는 미치지 못하는 구조였습니다.

첫째, 고향사랑기부금 세액공제(「조세특례제한법」 제58조 개정)와 관련하여, 10만 원 초과 기부금에 대해 지역을 4개 유형으로 나누어 공제율을 차등 적용합니다. 수도권은 현행 공제율을 그대로 유지하고, '기타 비수도권 우대지역'에 기부하는 경우 10만~20만 원 구간은 최대 55%, 20만 원 초과 구간은 최대 27.5%로 공제율이 상향됩니다. 세부 지역 구분은 「조세특례제한법 시행령」에서 규정할 예정입니다. 적용 시기는 2027년 1월 1일 이후 기부하는 분부터입니다. 둘째, R&D·투자 세액공제(「조세특례제한법」 제10조·제24조 개정)에 지방우대계수를 도입합니다. 지역을 4개로 구분하여 기준 공제율에 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등 1.1, 기타 비수도권 1.3, 기타 비수도권 우대지역 1.5의 계수를 곱한 공제율을 적용합니다. 이에 따라 지방 우대지역에서 발생한 R&D 비용과 투자액은 현행보다 최대 50% 높은 세제지원을 받을 수 있습니다. 적용 시기는 2027년 1월 1일 이후 R&D 비용이 발생하거나 투자하는 분부터입니다. 셋째, 근로자 지방 이주수당 비과세(「소득세법 시행령」 제12조 개정)와 관련하여, 민간 기업이 수도권 외 지역으로 사업장을 이전하거나 신·증설 투자를 하고 수도권 근로자가 해당 사업장으로 근무지를 변경하는 경우, 기업이 지급하는 이주수당에 대해 월 최대 50만 원까지 비과세를 적용합니다. 비과세 한도는 일반적으로 월 20만 원이며, '기타 비수도권 우대지역'으로 이전하는 경우에 한해 월 50만 원까지 확대됩니다. 비과세를 받으려면 사업장 이전·신증설 투자, 3년 이내 근무지 변경, 근무지 변경일로부터 3년 이내 지급, 사내 공통 지급규정에 따른 지급 등 4가지 요건을 모두 충족해야 합니다. 적용 시기는 시행령 시행일이 속하는 과세기간에 지급받는 분부터입니다. 넷째, 전남광주통합특별시 특구 내 창업기업 세액감면(「조세특례제한법」 제121조의36 신설)으로, 투자진흥지구 또는 문화산업진흥지구에서 창업하거나 사업장을 신설하는 기업에 소득세·법인세를 5년간 100%, 이후 2년간 50% 감면하는 특례를 신설합니다. 적용 시기는 2027년 1월 1일 이후 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터이며, 2029년 12월 31일까지 한시 적용됩니다.

이번 개편안은 국회 심의를 거쳐야 최종 확정되므로, 현 시점에서는 확정된 제도가 아닌 정부 추진 방향으로 이해해야 합니다. 기업 관점에서 가장 직접적인 영향은 R&D·투자 세액공제의 지방우대계수 도입입니다. 지방 우대지역에서 R&D 또는 설비 투자를 계획 중인 기업은 현행 대비 최대 50% 높은 세액공제를 받을 수 있어, 투자 입지 결정 시 세제 효과를 구체적으로 시뮬레이션해 볼 필요가 있습니다. 다만 세부 지역 구분이 「조세특례제한법 시행령」에서 추후 규정될 예정이므로, 특정 사업장이 어느 유형에 해당하는지는 시행령 확정 후에야 확인할 수 있습니다. 수도권 사업장을 지방으로 이전하거나 지방에 신·증설 투자를 검토하는 기업은 이주수당 비과세 요건을 사전에 점검할 필요가 있습니다. 비과세 적용을 위해서는 사내 공통 지급규정 정비, 이전 일정과 지급 시기 관리 등 내부 절차를 미리 갖추는 것이 중요합니다. 전남광주통합특별시 투자진흥지구 또는 문화산업진흥지구에서의 창업·사업장 신설을 검토하는 기업에게는 7년간(100% 5년 + 50% 2년)의 파격적인 세액감면이 제공되나, 2029년 12월 31일까지 창업·신설 분에 한해 한시 적용되므로 일정 관리가 중요합니다. 고향사랑기부제 측면에서는 기업이 직접 기부 주체가 되는 제도는 아니지만, 지역사회 공헌 활동이나 임직원 기부 장려 프로그램과 연계하는 경우 세제 혜택 변화를 안내할 필요가 있습니다. 전반적으로 이번 개편은 지방 투자·이전을 고려하는 기업에 유리한 방향이나, 세부 지역 구분 기준이 시행령에 위임되어 있어 구체적인 수혜 범위는 시행령 확정 후 확인이 필요합니다.