[공정거래위원회]기업집단 지정자료 제출의무 위반 관련 고발지침 개정안 행정예고

공정거래위원회가 「기업집단 관련 신고 및 자료제출의무 위반행위에 대한 고발지침」 개정안을 마련하여 2026년 8월 6일부터 8월 26일까지 20일간 행정예고하였습니다. 이 고발지침은 공시대상기업집단 등 지정을 위한 자료의 거짓 제출 또는 제출 거부 행위에 대한 고발 여부 기준을 정한 것으로, 2020년 9월 2일 제정 이후 처음으로 개정안이 마련되었습니다. 개정안의 핵심은 중대한 계열회사 누락 행위에 대한 고발 기준 확대, 최근 3년 내 동일 위반 반복 시 원칙 고발 도입, 인식가능성·중대성 판단 예시 구체화입니다.

현행 고발지침은 의무 위반 인식가능성이 현저하거나, 인식가능성이 상당하면서 중대성이 현저한 경우만을 원칙 고발 대상으로 규정하고 있습니다. 이로 인해 위반행위의 중대성이 현저하거나 상당한 경우라도 인식가능성이 명확하지 않으면 고발 대상에서 제외될 수 있는 문제가 있었습니다. 또한 현행 지침은 반복 법위반자에 대한 별도의 고발 기준을 두지 않고, 반복성을 인식가능성 추정에만 활용하는 데 그쳐 반복 위반에 대한 제재 실효성이 부족하다는 문제가 있었습니다. 아울러 동일인 또는 가까운 친족이 보유한 계열회사 누락 행위에 대한 인식가능성·중대성 판단 기준이 구체적으로 명시되지 않아 운영상 미비점이 있었습니다.

첫째, 원칙 고발 대상의 범위가 확대됩니다. 현행은 인식가능성이 현저한 경우와 인식가능성이 상당하면서 중대성이 현저한 경우만 원칙 고발 대상이었으나, 개정안은 중대성이 현저한 경우 전체(인식가능성이 상당하거나 경미한 경우 포함)와 중대성이 상당하면서 인식가능성이 상당한 경우를 원칙 고발 대상에 추가합니다. 다만 중대성이 현저하더라도 행위자가 의무 위반 가능성을 인지하지 못하였음이 객관적 자료로 입증되면 고발하지 않을 수 있도록 예외를 두었습니다. 둘째, 반복 위반에 대한 원칙 고발 기준이 신설됩니다. 과거 3년간 공정거래위원회로부터 경고 이상의 조치를 받은 자가 동일한 위반행위를 한 경우에는 인식가능성·중대성 기준에 관계없이 원칙적으로 고발하도록 하였습니다. 기준 시점은 신고사건의 경우 신고접수일, 직권인지사건의 경우 자료제출요청일·이해관계자 출석요청일·현장조사일 중 가장 빠른 날입니다. 셋째, 인식가능성 판단 예시가 구체화됩니다. 지정자료 제출 경험이 있는 자로서 제출의무자 또는 대리인 본인이 상당한 지분을 소유한 회사를 누락하거나 허위 기재한 경우, 누락한 회사를 미편입 계열회사로 인식하고 관리하였음이 확인되는 경우를 인식가능성이 현저한 경우의 예시로 추가합니다. 가까운 친족이 상당한 지분을 소유한 회사를 누락하거나 허위 기재한 경우는 인식가능성이 상당한 경우의 예시로 명시하고, 자료제출 경험도 인식가능성 판단 요소로 추가합니다. 넷째, 중대성 판단 예시도 정비됩니다. 공시대상기업집단 지정 여부에 영향을 미치지 않더라도 계열회사 누락 규모가 상당하고 누락기간이 장기인 경우를 중대성이 현저한 경우의 예시로, 누락 규모가 미미하고 단기간에 이루어진 경우를 중대성이 경미한 경우의 예시로 각각 추가합니다. 다섯째, 고발지침의 유효기간이 현행 2026년 8월 31일에서 2029년으로 연장됩니다.

이번 개정안이 확정·시행되면 대기업집단 소속 기업 및 총수일가 입장에서 고발 위험이 실질적으로 높아집니다. 가장 직접적인 영향은 '중대성 상당 + 인식가능성 상당' 조합이 원칙 고발 대상에 새로 포함된다는 점입니다. 현행에서는 이 조합이 고발 여부를 재량적으로 판단하는 영역이었으나, 개정 후에는 원칙적으로 고발 대상이 됩니다. 계열회사 편입 누락이나 지분 현황 오기가 이 범주에 해당할 가능성이 높아지므로, 지정자료 작성·검토 과정에서의 내부 통제 수준을 높일 필요가 있습니다. 반복 위반에 대한 원칙 고발 기준 신설도 중요한 변화입니다. 과거 경고 조치를 받은 기업이 동일 유형의 위반을 다시 저지르면 인식가능성이나 중대성 수준과 무관하게 고발이 원칙이 됩니다. 과거 경고 이력이 있는 기업집단은 이 조항을 특히 주의해야 합니다. 동일인 또는 가까운 친족이 상당한 지분을 보유한 회사를 누락한 경우가 인식가능성 현저 또는 상당의 예시로 명시됨에 따라, 총수 및 친족 지분 보유 회사에 대한 계열 편입 여부 검토가 더욱 중요해집니다. 특히 지정자료 제출 경험이 있는 기업집단은 '경험이 있음에도 누락하였다'는 사실 자체가 인식가능성 현저의 근거로 작용할 수 있습니다. 다만 이번 개정안은 현재 행정예고 단계이므로, 확정 전까지 내용이 변경될 수 있습니다. 대기업집단 소속 기업의 법무·컴플라이언스 담당 부서는 개정안 확정 시점을 모니터링하면서, 지정자료 제출 프로세스 및 계열회사 현황 관리 체계를 점검하는 것이 바람직합니다.