조세특례제한법 시행령 일부개정령안 입법예고종료

⊙재정경제부공고제2026-16호

 

　「조세특례제한법 시행령」 일부개정령안 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.

2026년 1월 19일

부총리겸재정경제부장관

 

 

조세특례제한법 시행령 일부개정령안 입법예고

 

 

1. 개정이유

 

웹툰산업의 글로벌 경쟁력 지원을 위하여 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제를 신설하고, 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례 대상 지역을 비수도권 인구감소관심지역까지 확대하며, 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 기본공제 한도를 자녀 수에 따라 최대 4백만원으로 확대하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정된 것에 맞추어, 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 대상 콘텐츠 및 비용 등의 범위를 구체화하고, 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례 대상이 되는 비수도권 인구감소관심지역 소재 주택가액 등 지원 범위를 구체화하며, 신용카드등소득공제 한도가 추가되는 부양자녀의 범위를 거주자의 직계비속, 동거 입양자, 위탁아동 등으로 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

 

첨단 전략산업 연구개발을 활성화하기 위하여 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술의 범위를 확대하고, 통합고용세액공제 적용 시 근로계약 체결 당시 청년인 경우 연령이 증가하더라도 공제가 적용되는 기간 동안은 청년으로 간주하도록 하며, 공익사업 수용 등의 사유로 농지를 대토하는 경우 신규 농지 취득 후 2년 이내 기존 농지 양도 시에도 양도소득세 감면을 적용받을 수 있도록 하고, 전자신고 세액공제액을 축소하며, 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례 적용 시 기업소득 가산항목에 포함되는 사항을 추가하며, 근로ㆍ자녀장려금 압류금지 기준금액을 상향조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임

 

 

2. 주요내용

 

< 중소기업에 대한 조세특례 >

 

가. 제도 남용 방지를 위해 사업 분리시 사업을 개시하는 기업의 임직원이 기존 기업과 친족 또는 경영지배관계에 있는 특수관계인이 아닐 것을 창업중소기업 세액감면 적용 요건에 추가함.

 

나. 조세회피 방지, 납세 협력 및 세무 행정부담 경감을 위해 창업벤처중소기업 또는 에너지신기술중소기업에 해당하는 경우 세액감면 신청시 제출해야하는 서류에 벤처기업 명세서, 고효율에너지 기자재 인증 명세서 또는 신재생에너지설비 인증 명세서를 추가함.

 

다. 상생협력기금 출연금 세액공제가 적용되는 무역보험기금 출연금으로 지원할 수 있는 중견기업의 범위를 내국법인으로부터 제조 등을 위탁받은 수탁기업, 해당 수탁기업에 물품을 납품하는 중견기업 등으로 구체화함.

 

< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >

 

라. 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 인공지능 학습용데이터의 구매비용을 포함함.

 

마. 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원인 집합투자업자(「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제1항제3호에 따른 집합투자업자)는 주식양도차익 등에 대한 비과세만 적용받을 수 있도록 하는 한편, 공동업무집행조합원은 벤처투자회사 등의 벤처기업 주식양도차익 등 비과세 적용대상에서 제외하고 출자에 대한 과세특례만 적용받을 수 있도록 함.

 

바. 내국법인이 벤처투자회사의 투자목적회사를 통해 벤처기업에 출자한 경우 세액공제를 적용받을 수 있는 금액을 구체화함.

 

사. 소득공제를 적용받을 수 있는 벤처기업투자신탁 투자액의 한도를 거주자 1명당 3천만원에서 연간 2천만원으로 확대함.

 

아. 신성장ㆍ원천기술에 고규소 함량 저철손 전기강판 제조기술 등을 추가하고, 국가전략기술에 환경친화적 첨단 선박의 운송ㆍ추진 기술 등을 추가하는 등 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술과 국가전략기술 범위를 확대함.

 

< 투자촉진을 위한 조세특례 >

 

자. 국가전략기술연구개발시설 및 신성장연구개발시설이 한시적으로 사업화를 위해 사용되더라도 국가전략기술연구개발시설 등으로 통합투자세액공제를 적용받을 수 있도록 제도를 합리화함.

 

차. 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 신설에 따라 공제대상 웹툰콘텐츠를 「만화진흥에 관한 법률」에 따른 디지털만화 및 웹툰으로 하고, 적용대상을 웹툰콘텐츠 제작에 참여한 사람 등에 대한 인건비 등 재정경제부령으로 정하는 비용으로 하되 국가 등으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 지출하는 경우 등은 적용대상에서 제외하는 등 제도 운영에 필요한 사항을 규정함.

 

카. 중소기업 스마트공장 관련 세제지원 대상 사업용 유형자산의 범위를 「법인세법 시행령」 제24조제1항제1호에 따른 유형자산으로 하되 건물 및 구축물, 차량 및 운반구 등은 제외하고, 기준내용연수의 100분의 50의 범위 내에서 가감하여 신고한 내용연수를 적용할 수 있도록 규정함.

 

< 고용지원을 위한 조세특례 >

 

타. 납세자 혼란 방지를 위해 세액공제가 적용되는 상시근로자에서 제외되는 총급여액 기준을 8천만원 이상으로 일원화함.

 

파. 중견ㆍ대기업의 고용 증대 유인 강화를 위해 중견ㆍ대기업의 최소고용증가인원수를 설정하고, 납세협력비용 경감을 위해 상시근로자 수 계산 방식을 연 단위로 변경하며, 근로계약 체결 당시 청년인 경우 연령 증가에 따라 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일로부터 4년간(중소기업 또는 중견기업이 아닌 경우에는 3년간)은 청년으로 간주하도록 함.

 

하. 가업승계를 지원하기 위해 가업승계 증여특례를 적용받은 주식이 5년 이내에 증권시장에 상장되는 경우 당초 주식등의 증여가액과 상장에 따른 증여이익을 합산하여 과세특례를 적용받을 수 있는 한도를 당초 증여받은 주식등의 과세특례 한도와 일치하도록 함.

 

< 기업구조조정을 위한 조세특례 >

 

거. 내국법인이 외국법인에 대해 외국자회사 주식을 현물출자하고 취득한 주식을 처분하는 경우 익금에 산입하는 금액의 계산방법을 구체화하고, 출자법인의 피출자법인 주식 보유비중이 100분의 50 미만이 되거나 피출자법인의 현물출자로 취득한 외국자회사 주식을 100분의 50 이상 처분하는 경우 과세이연을 종료하고 남은 금액을 익금산입하도록 함.

 

< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >

 

너. 공익사업 수용시 신규 농지 취득 후 2년 이내 기존 농지를 양도하는 경우 감면을 적용받을 수 있도록 함.

 

더. 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례 대상 지역을 비수도권 인구감소관심지역까지 확대하고 지원 대상 주택 가액을 기준시가 4억원 이하로 규정함.

 

< 저축 지원을 위한 조세특례 >

 

러. 소기업ㆍ소상공인 공제부금 납입한도를 분기별 300만원에서 연 1,800만원으로 상향하고, 퇴직소득으로 과세하는 소기업·소상공인 공제 해지 사유 중 경영악화 요건을 직전 3년 평균 대비 수입금액 50% 이상 감소에서 20% 이상 감소로 변경함.

 

머. 해외 증권시장의 폐쇄ㆍ휴장 또는 거래정지로 인해 해외주식투자전용집합투자기구의 계약기간 만료일까지 환매할 수 없게 된 경우에는 그 사유가 해소될 때까지 환매하지 아니할 수 있도록 함.

 

버. 청년미래적금 가입을 위해 청년도약계좌를 해지하는 경우 청년도약계좌에서 발생한 이자소득 감면 세액을 추징하지 아니함.

 

서. 청년미래적금 가입 대상인 청년을 가입일 현재 19세 이상 34세 이하인 자(병역 이행기간 최대 6년 제외)로 하고, 가입대상인 소상공인을 직전 과세연도의 매출액이 3억원 이하인 자로서 금융위원장으로부터 확인을 받은 자로 함.

 

< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >

 

어. 거주자의 기본공제대상자에 해당하는 자녀등이 3명 이상인 경우 월세 세액공제 대상이 되는 주택을 85제곱미터 이하인 주택(수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역인 경우 100제곱미터 이하인 주택)에서 지역구분 없이 100제곱미터 이하로 확대함.

 

저. 내국인이 프로젝트 부동산투자회사에 현물출자함에 따라 양도소득세 납부이연 또는 법인세 과세이연을 적용받는 경우 납부이연 및 과세이연되는 세액 및 방법을 구체화하는 한편, 현물출자로 취득한 주식의 처분비율이 100분의 50 미만인 경우는 처분비율에 따라 이연된 세액을 납부하도록 하고, 100분의 50 이상이거나 전부 처분하는 경우 및 피출자 부동산투자회사가 해산하는 경우 등에는 전부 익금산입하도록 하며, 피출자 부동산투자회사가 주식을 공모하기 전에 현물출자로 취득한 주식을 처분하는 등의 경우에 납부해야 하는 이자상당가산액의 계산방법을 구체화하고, 현물출자받은 프로젝트 부동산투자회사에 대한 현물출자 과세특례신청서 제출의무 및 해당 부동산투자회사가 해산한 경우 등에 대한 국토교통부장관의 통지의무 등을 규정함.

 

처. 준공후 미분양주택 취득자에 대한 과세특례가 적용되는 준공후 미분양 주택의 가액기준을 7억원으로 상향함.

 

커. 특수형태근로자로서 영세개인사업자의 체납액 징수특례를 적용 받기 위한 요건은 고용보험 가입 후에 3개월 이상 연속하여 고용보험료를 납부하는 것으로 규정함.

 

터. 생계형체납자의 납부의무 소멸 특례적용을 위한 영세자영업자의 수입금액 기준, 실태조사일, 징수곤란 체납액으로 인정되는 체납액 등을 규정함.

 

< 근로장려를 위한 조세특례 >

 

퍼. 직계존비속에게 단독주택, 다중주택 및 다가구주택을 임차한 경우 전세금 기준시가로 평가하던 것을 앞으로는 국세청장이 정하여 고시하는 금액으로 평가함.

 

허. 근로장려금과 자녀장려금의 압류금지 기준금액을 185만원에서 250만원으로 상향조정함.

 

< 동업기업에 대한 조세특례 >

 

고. 동업기업 과세특례 중 동업자에게 배분하는 가산세 규정에 업무용승용차 관련 비용 명세서 제출 불성실 가산세를 추가함.

 

< 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 조세특례 >

 

노. 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례로 개편함에 따라 추가된 환류대상 배당액을 해당 사업연도 중 지급한 현금배당으로 규정하면서 자본준비금 또는 이익준비금 감액배당은 제외하며, 환류해야 하는 기업소득 범위를 투자포함형의 경우 기업소득의 100분의 80, 투자제외형의 경우 100분의 30으로 규정하고, 기업소득 가산항목에 수입배당금 익금불산입액, 외국자회사 수입배당금 익금불산입액, 2027년부터 법령상 의무적립금 환입액을 추가하며, 미환류소득 산정 시 차감하는 상시근로자 근로소득 증가액에서 비과세소득은 제외됨을 명확히 함.

 

도. 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 조세특례 환류대상에 포함되는 상생협력 지출액의 범위에 「조세특례제한법」 제8조의3제1항제1호에 따른 협력중소기업의 보증ㆍ대출지원을 목적으로 무역보험기금에 출연하는 출연금을 추가함.

 

< 그 밖의 직접국세 특례 >

 

로. 전자신고가 정착된 점을 감안하여, 전자신고의 방법에 의한 소득세, 법인세 및 부가가치세 신고에 대한 세액공제액을 50% 축소함.

 

모. 대학의 수익용자산 대체취득 대상에 국내 상장법인 주식, 국ㆍ공채 및 펀드를 추가하고, 과세이연 방법 및 매각시 익금산입 방법을 구체화함.

 

보. 주택공급 지원을 위해 토지 취득 후 5년 이내 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 종합부동산세 추징이 면제되는 천재지변 등 사유를 구체화함.

 

소. 거주자가 해당 사업연도의 배당성향이 40퍼센트 이상인 고배당기업 등으로부터 받는 배당소득에 대해서는 종합소득과세표준에 합산하지 아니하고 14퍼센트부터 35퍼센트까지의 세율로 분리과세하는 제도를 신설함에 따라 관련 대상 및 절차를 마련함.

 

오. 세액공제 대상 우수 선ㆍ화주 기업을 판정하는 해상물동량 및 운송비용의 정의를 구체화하고, 추가공제가 적용되는 원양 해상물동량을 해양수산부 고시로 정하는 연근해를 제외한 지역에서 운송된 물동량으로 규정함.

 

< 간접국세에 대한 조세특례 >

 

조. 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례의 실효성 제고를 위해 매입세액공제신고서 필수기재사항에 자동차등록번호와 차대번호를 추가함.

 

초. 주세 감면 대상인 저도수 특정주류를 불휘발분이 2도 이상인 주류로서 알코올분 8.5도 이하인 주류로 규정하고, 감면한도인 반출수량을 400킬로리터로 정함.

 

코. 증권거래세가 면제되는 시장조성자로「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 다자간매매체결회사와 시장조성계약을 체결한 금융투자업자를 추가하고 관련 기준 등을 정비함.

 

< 사업재편계획을 위한 조세특례 >

 

토. 사업재편기업이 사업재편계획에 따라 중복자산을 양도한 경우 뿐만 아니라 폐기 및 가동중단하는 등 처분하거나 사업에 사용되지 아니하는 경우에도 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항 및 제80조의4제8항을 적용할 때 피합병법인으로부터 승계한 고정자산으로부터 제외된다는 점을 명확화함.

 

< 과세표준 양성화를 위한 조세특례 >

 

포. 신용카드등소득공제 적용대상에서 교육비 세액공제가 적용되는 교육비에 대한 지출을 제외함.

 

호. 신용카드등소득공제 한도가 추가되는 부양자녀의 범위를 거주자의 직계비속, 동거 입양자, 위탁아동 등으로 규정함.

 

< 조세특례제한 등 >

 

구. 지역사랑상품권 지출분 기업업무추진비 증명자료의 범위를 지역사랑상품권 판매대행점이 발행한 것으로서 명칭을 불문하고 지역사랑상품권 현금 구입을 입증하는 자료로 명확히 함.

 

< 보칙 >

 

누. 중앙행정기관의 장이 조세감면제도 존치 의견을 제출하는 경우 의견서에 포함해야 하는 내용을 구체화함.

 

두. 조세지출결산서의 구체적인 작성방법, 제출시기, 자료제출 기관을 규정함.

 

 

3. 의견제출

 

이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2026년 2월 5일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 재정경제부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 dongjun0@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.

 

가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)

 

나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호

 

다. 그 밖의 참고 사항 등

 

※ 제출의견 보내실 곳

 

- 일반우편: (30112) 세종특별자치시 도움6로 42, 정부세종청사 중앙동 재정경제부 조세특례제도과

 

- 전자우편: dongjun0@korea.kr

 

- 팩스: 044-215-8063

 

 

4. 그 밖의 사항

 

개정안에 대한 자세한 사항은 재정경제부(아래 참조)로 문의하여 주시기 바랍니다.

 

 

소관분야	소관과	전화번호(044-215-)
연구개발, 투자, 고용, 중소기업, 유턴, 지역특구 등	조세특례제도과	4131, 4132, 4133
징수특례 등	조세법령운용팀	4151
조세지출결산서 등	조세분석과	4141
근로소득, 사업소득, 근로장려금	소득세제과	4211, 4212, 4215
법인세	법인세제과	4221, 4222
이자·배당소득, 증권거래세 등	금융세제과	4231, 4232, 4233, 4234
종합부동산세, 양도소득, 증여세	재산세제과	4311, 4312, 4314
부가가치세	부가가치세제과	4323
주세	환경에너지세제과	4333
비거주자ㆍ외국법인	국제조세제도과	4656