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한미 의료기술 이전 세금, 대법 "면제 안 돼"

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발행일
2026-05-27
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판결·심판 / 법원 판결

대법원 3부, 미국 A 사의 원천징수법인세 환급거부처분 취소소송 파기환송1·2심은 "자본적 자산 양도소득으로 과세 면제" 판단했으나 대법원이 뒤집어한미조세협약상

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대법원 3부, 미국 A 사의 원천징수법인세 환급거부처분 취소소송 파기환송

1·2심은 "자본적 자산 양도소득으로 과세 면제" 판단했으나 대법원이 뒤집어

한미조세협약상 '자본적 자산' 해석 기준 제시, 기술·노하우는 제외 판단

미국 법인이 국내 기업에 넘긴 의료 기술과 노하우는 한미조세협약상 과세가 면제되는 자본적 자산이 아니라는 대법원 판단이 나왔습니다.

뉴스1 보도에 따르면 대법원 3부는 주심 오석준 대법관 심리로 미국 법인 A 사가 동작세무서장을 상대로 낸 원천징수법인세 환급거부처분 취소소송에서 원고 승소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈습니다. 법조계가 이 판결을 확인한 시점은 18일입니다.

사건의 배경

A 사와 국내 제약사 B 사의 기술이전 계약은 2016년 체결됐습니다. A 사가 자체 연구개발한 간암 표적 치료용 화합물의 기술과 노하우를 B 사에 이전하는 내용이었습니다.

계약 조건은 두 갈래로 구성됐습니다. A 사는 정액기술료를 받는 동시에, 향후 개발될 완제품의 최초 시판일부터 특허 만료일까지 매년 기술료를 받기로 약정했습니다.

이어 2016년 B 사는 A 사에 정액기술료 중 계약금 명목으로 5억 원을 지급했습니다. 이때 B 사는 이 금액에 대한 원천징수분 법인세를 동작세무서에 납부했습니다.

쟁점과 1·2심 판단

이 사건의 쟁점은 A 사가 이전한 기술과 노하우가 한미조세협약상 한국의 과세가 면제되는 자본적 자산에 해당하는지였습니다.

A 사는 "기술료는 자본적 자산의 양도소득이므로 국내 원천소득이 아니다"라며 세무 당국에 환급을 구하는 경정청구를 냈습니다. 세무서가 이를 거부하자 A 사는 소송을 제기했습니다.

1심과 2심은 모두 A 사의 손을 들어줬습니다. 재판부는 해당 기술료가 노하우를 양도하며 받은 확정적 고정대가이며, 한미조세협약상 자본적 자산의 양도소득에 해당해 한국의 과세에서 면제된다고 봤습니다.

대법원의 핵심 판단

대법원은 과세 당국 승소 취지로 사건을 파기환송했습니다.

대법원은 한미조세협약상 정의되지 않은 자본적 자산의 해석 기준을 제시했습니다. 조약 체결 당시 미국 내국세법을 참고해 협약의 문맥에 따라 해석해야 한다는 것입니다.

이어 대법원은 당시 미국 세법이 사업에 사용되는 감가상각 대상 재산을 자본적 자산에서 제외하고 있었고, 기술이나 노하우는 여기에 해당한다고 판시했습니다. 따라서 A 사가 이전한 기술 역시 자본적 자산으로 볼 수 없다는 결론입니다.

다만 대법원은 추가 심리 사항도 명시했습니다. 이 기술이 한미조세협약상 무형의 개인재산에 해당하는지, 나아가 실제 매각된 장소를 한국으로 볼 수 있는지는 환송 후 원심이 추가로 심리해야 한다고 덧붙였습니다.

시사점

이번 판결은 외국 법인이 한국 기업에 기술·노하우를 이전하면서 받는 대가의 과세 여부에 관한 해석 기준을 분명히 했습니다. 자본적 자산 여부를 판단할 때 조약 체결 당시의 상대국 세법을 해석 근거로 삼는다는 원칙을 제시한 점에서 의미가 있습니다. 

기술이전이 활발한 제약·바이오 업계에서 글로벌 본사와의 라이선스 계약 구조와 세무 처리 방식을 재검토할 필요성이 제기됩니다. 특히 정액기술료, 마일스톤, 로열티 등 대가 구성을 자본적 자산 양도로 볼 수 있는지에 대한 기준이 좁아진 것으로 평가됩니다.  

향후 환송심에서 무형의 개인재산 해당 여부와 매각 장소 판단이 어떻게 정리되는지가 후속 쟁점입니다. 이 부분 판단에 따라 유사 사건의 과세 결과가 달라질 수 있어 기업 자문 실무에서 주시할 대목입니다.